A FUNADESP concede anualmente o Prêmio de Iniciação Científica, com base na convicção quanto à importância do papel desempenhado pela IC como princípio educativo, de valor importante para a formação do graduando, estímulo significativo à institucionalização da Pesquisa nas IES e instrumento de integração entre Graduação, Pesquisa, Pós-graduação e Extensão.
A premiação é atribuída anualmente a alunos em iniciação científica de instituições participantes em qualquer dos Programas de Bolsas da Funadesp. Compreende duas categorias:
- Iniciação Científica, concedido ao aluno autor do melhor trabalho inscrito em cada uma das três Grandes Áreas do Conhecimento (Ciências Exatas, da Terra e Engenharias; Ciências Agrárias, Biológicas e da Saúde; Ciências Humanas e Sociais, Letras, Linguística e Artes), correspondendo a um prêmio de R$ 1.500,00;
- Mérito Institucional, correspondendo a placa alusiva ao evento, concedido às instituições que tenham alunos agraciados com o Prêmio IC.